禮賢會從1847年來華而今，已有超過165年的歷史。禮賢會慈雲山堂是禮賢會香港區會屬下其中一個堂會，自1972年成立至今，也經歷了上帝在過往四十多個寒暑的恩典及帶領。

慈雲山堂的源起自1971年，一群慈雲山禮賢會小學的畢業生組成校友會，校友會其中部份核心成員都是基督徒。於是，在曹美屏老師的協助下，在同年夏天組成了校友團契，並借用禮賢會小學的校舍聚會。

後來，區會決定在慈雲山成立佈道所，委派了蔣國仁校長為堂主任，並有曾志道老師協助。

1972年1月29日，禮賢會慈雲山佈道所正式成立，堂址借用慈雲山村第三座之禮賢會慈雲山幼稚園。

經歷了十多年的發展，昔日的少年人也都成長了。1985年9月，區會委派了梁銘牧師接替黃福如牧師，兼任本堂之堂主任一職，堂會的各項事工也漸趨成熟。

 1987年2月1日，在本堂十五周年堂慶中，慈雲山佈道所由一佈道基址正式提升為非自理堂，也成立了首屆堂董會，由五位執事組成。

隨著屋村的老化，慈雲山禮賢會小學經已停辦，改為提供特殊教育的禮賢會恩慈學校。而慈雲山禮賢會幼稚園的學生也不斷減少，最後區會也決定將幼稚園遷往樂富村。就在這時，上帝也為我們準備了新地方。

因著舊屋村的重建，禮賢會恩慈學校要遷往鳳德村的新校舍。在1993年1月，慈雲山堂也隨著遷進鑽石山鳳德村禮賢會恩慈學校（本堂現址）。

遷往現址後，本堂各項聖工繼續蒙主恩領。在2002年1月，因人數漸增，及牧養的需要，主日除原有的午堂崇拜外，並開始增設早堂崇拜。

經區董會通過接納後，本堂終於在2004年1月25日，正式由非自理堂提升為自理堂，成立了首屆自理堂堂董會，堂董人數共十名。